Badania naukowe realizowane na Wydziale Nawigacyjnym PM obejmują głównie dyscypliny:

• geodezja i kartografia,
• transport.

Wydział Nawigacyjny posiada kategorię 2 zgodnie z wykazem ustalonym przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 15.15.2010r. dla grupy jednostek G6 „Górnictwo, geologia techniczna, geodezja, energetyka i transport”.

Wydział Nawigacyjny posiada uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk technicznych w dyscyplinach geodezja i kartografia oraz transport oraz uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk technicznych w dyscyplinie transport.
Wydział ściśle współpracuje z przedsiębiorstwami gospodarki morskiej, w tym:

• administracja morską,
• armatorami,
• spedytorami,
• portami morskimi.

Działalność naukowa Wydziału nakierowana na rozwój młodej kadry naukowej. Głównym kierunkiem jest umożliwienie szybkiego awansu poprzez uzyskiwanie przez pracowników Wydziału doktoratów i habilitacji.